La storia di questo Equatoriale di Merz si intreccia con le vicende dell'Unità d'Italia: fu acquistato nel 1862 da Ernesto Capocci, reintegrato alla direzione della Specola da Garibaldi, grazie ai fondi stanziati dal ministro Francesco de Sanctis. Giunto a Napoli nel 1863, fu montato sotto la direzione di Annibale de Gasparis tra il 1864 e il 1865 nella cupola orientale al posto del telescoipo di Fraunhofer sulla stessa base,"un piede di legno che posa direttamente sul pavimento della stanza", opportunamente modificata dal meccanico Gennaro Cafaro. Nonostante le grandi aspettative, lo strumento fu inizialmente giudicato in modo severo: "nonostante la celebrità dell'Autore, non si è trovato all'altezza della sua fama", nella cupola fu posizionato anche "un'orologio di Le Roy a pendolo senza compensazione con iscappamento a regresso".
Lo strumento ebbe però un ruolo da protagonista nella ricerca astrofisica: nel 1870 fu trasportato a Gela per l'eclisse di Sole, dove Arminio Nobile, assistito da Augusto Witting, sottotenente di vascello del piroscafo Plebiscito, e da Floriano Cortese, custode dell'Osservatorio, compì osservazioni spettroscopiche della corona solare. Per potenziarne le capacità, nel 1870 fu acquistato uno spettroscopio di Merz a visione diretta e nel 1875 fu adattato il micrometro di Gambey ad opera di Giuseppe Spano.
Dopo un periodo di inattività e lo smontaggio nel 1892 per far posto allo strumento zenitale di Wanschaff, il telescopio visse una "seconda giovinezza" tra il 1921 e il 1934. Concesso in prestito all'astronomo Giovan Battista Lacchini per il suo osservatorio privato Urania Lamonia a Faenza, lo strumento fu profondamente trasformato e corredato di nuovi oculari e micrometri. Nonostante Lacchini lamentasse che il telescopio "lasciava molto a desiderare volendolo usare per osservazioni fotometriche", insieme ai suoi assistenti: Ancarani, Benini e Gallanti, riuscì a produrre oltre 10.000 osservazioni di circa 200 stelle variabili.
Rientrato a Napoli nel 1934 su richiesta del direttore Luigi Carnera, il telescopio fu "aggiunto al cannocchiale antico di Dollond", per scopi astrofotografici. Nel 1936 fu utilizzato per l'osservazione dell'eclisse di Luna e, infine, fu sistemato nella cupola nord, dove venne dotato del motore elettrico per il movimento orario che ancora oggi lo caratterizza.