Nato intorno al 1250 (per alcuni 1257), risulta figlio di un certo Costanzo, notaio di Abano. Completati i primi studi a Padova, intraprese diversi viaggi per approfondire lo studio della natura e dell’etica. Dal 1270 al 1290 circa soggiornò a Costantinopoli, acquisendo familiarità con il greco e l’arabo, cosa che gli permise di leggere e tradurre le opere degli autori classici dalla lingua originale, e che di ottenere una cattedra nella locale Università, ove teneva lezione nella lingua locale. Attorno al ’300 si trasferì a Parigi, dove insegnò presso l’Università e dove compose la maggior parte delle sue opere, e in particolare il Conciliator differentiarum philosophorum et praecipue medicorum (la cui prima edizione a stampa è del 1472), la sua opera più celebre; in essa egli cerca di conciliare le opinioni discordi dei filosofi e dei medici sui più importanti argomenti dell’epoca relativi alle scienze naturali, esponendo 120 questioni, che spaziano dalle questioni mediche, alla costituzione degli elementi fino all’influenza dei corpi celesti, tutte tematiche su cui c’erano disaccordi, e analizzandole attraverso il metodo della scolastica e della dialettica. Egli si interessò anche della potenza dei veleni e dei relativi antidoti e di questioni di fisiognomica. Scrisse anche dei trattati astronomici e astrologici, tra i quali il Lucidator dubitabilium astronomiae, e le sue opere ebbero una grande diffusione in tutta Europa fino alla fine del 16° secolo. Furono proprio le teorie astrologiche contenute in queste opere a guidare Giotto nella realizzazione del grande ciclo pittorico-astrologico che adornava il Palazzo della Ragione di Padova, ciclo che andò distrutto nell’incendio del 1420 ma che fu poi ridipinto da alcuni pittori minori secondo lo stesso schema. D’Abano era interessato soprattutto ai rapporti tra la medicina e l’astrologia, e sosteneva l’influenza diretta delle stelle, che considerava degli intermediari tra Dio e il mondo sublunare, sui processi di generazione e corruzione che avevano luogo sulla Terra. Per questo considerava fondamentale nel processo formativo del medico studiare e conoscere anche l’astrologia, in particolare quella chiamata ‘giudiziaria’, che forniva previsioni sul destino umano ma la cui pratica era condannata dalla Chiesa. Accusato dall’Inquisizione di sostenere opinioni discordanti dai dogmi della Chiesa, subì già nel periodo parigino un primo processo, che si concluse però con il proscioglimento.
Nel 1307 ritornò a Padova, dove insegnò medicina, facendo crescere di fama la cattedra, ma suscitando anche nuovi sospetti di stregoneria ed eresia nelle autorità ecclesiastiche, che lo portarono ad un secondo processo. Nel 1315, pur avendo abiurato tutte le sue opinioni in contrasto con i dogmi della Chiesa, e ormai gravemente malato, subì un terzo e ultimo processo. Questo si concluse dopo la sua morte, con la condanna al rogo e per questo, secondo fonti secondarie, le sue spoglie furono riesumate e per essere bruciate.