Restato orfano sin da bambino, nel 1799 si trasferì ad Aarau dove frequentò il laboratorio di Johann Ludwig Esser. Dopo l'apprendistato intraprese un viaggio di formazione che lo portò nelle officine di Wilhelm Gottlob Benjamin Baumann (1772-1849) a Stoccarda e di Reichenbach e Fraunhofer a Monaco.
Nel 1819, con il sostegno di
Johann Rudolf Meyer, fondò
Mathematischen Instrumente verfertigt in den Werkstätte von "Jakob Kern" Mechanikus Aarau, inizialmente specializzata in compassi di altissima qualità, successivamente la produzione si espanse agli strumenti geodetici e astronomici.
Nel 1857 spostò il laboratorio a Ziegelrain e i due figli, Adolf Kern-Saxer (1826-1896) ed Emil Kern-Rychner (1830-1898) si associarono all'impresa paterna continuando la produzione di strumenti di precisione.
Nel 1885, sotto la guida del nipote Heinrich, l'azienda divenne la
Kern & Company, continuando a produrre un numero crescente di strumenti topografici.
Durante la Seconda Guerra Mondiale la società ebbe una porte espansione: nel 1943
iniziò la storica collaborazione con Paillard-Bolex. La Kern fu tra i pionieri assoluti nell'introdurre, nel 1944, i primi rivestimenti antiriflesso sulle lenti cinematografiche.
Le lenti delle linee
Switar e
Yvar, nate per le esigenze belliche, divennero nel dopoguerra uno standard delle cineprese Bolex, amate dai registi di tutto il mondo per la loro incredibile nitidezza.
La società
Kern & Co. concluse la sua parabola indipendente il 13 maggio 1988, venendo acquisita dal
Wild-Leitz-Gruppe, per poi chiudere definitivamente i battenti nel 1991.