Restato orfano sin da bambino, nel 1799 si trasferì ad Aarau dove frequentò il laboratorio di Johann Ludwig Esser. Poté visitare le officine di Wilhelm Gottlob Benjamin Baumann (1772-1849) a Stoccarda e di Reichenbach e Fraunhofer a Monaco. Nel 1819, con l'aiuto di Johann Rudolf Meyer (1739-1813), fondò la Mathematischen Instrumente verfertigt in den Werkstätte von "Jakob Kern" Mechanikus Aarau per la produzione di compassi, prima, e di strumenti geodetici e astronomici, successivamente. Nel 1857 spostò il laboratorio a Ziegelrain e i due figli, Adolf Kern-Saxer (1826-1896) ed Emil Kern-Rychner (1830-1898) si associarono all'impresa paterna continuando la produzione di strumenti di precisione.
Sotto la direzione di Heinrich Kern, nipote di Jakob, l'azienda, nel 1885, fu chiamata Kern & Company, continuando a produrre un numero crescente di strumenti topografici.
Tra le due guerre la società ebbe una porte espansione.
Nel 1943 comincia una collaborazione con la Paillard-Bolex, e la Kern-Paillard cominciò a produrre lenti cinematografiche. Nel 1944 furono realizzare le prime lenti cinematografiche con un rivestimento anti-riflettente. Le esigenze della seconda guerra mondiale portarono alla produzione della linea di lenti Kern Switar e Yvar. Dopo la guerra anche le telecamere Bolex utilizzarono questa tipologia di lenti.
La società Kern & Co, specializzata nella produzione di meccanica di precisione, ottica ed elettronica, fu acquisita il 13 maggio 1988 dal Wild-Leitz-Gruppe e nel 1991 definitivamente chiusa.