L’archivio istituzionale è composto sia dai documenti di carattere amministrativo sia da quelli prodotti dalle attività scientifiche. Ha una consistenza di circa 15 metri lineari; copre un arco cronologico che dal 1872 arriva al 1990. L’archivio- lacunoso sicuramente nelle serie amministrative - è un ottimo strumento per la conoscenza delle attività svolte nell’osservatorio a partire dalla sua fondazione.
Le prime quattro serie (Organi collegiali, Atti e corrispondenza, Contabilità, Personale) contengono le carte che testimoniano soprattutto gli aspetti amministrativi, burocratici e più in generale relativi al funzionamento e ai rapporti istituzionali. Le serie successive (Biblioteca, Registri delle firme, Pubblicazioni, Osservazioni, Materiale iconografico, Appendici) costituiscono invece più diretta testimonianza delle attività scientifiche, di osservazione e di trasmissione delle informazioni. E proprio in questo senso, sono strettamente complementari all’archivio istituzionale gli archivi personali degli astronomi: organizzati nella sezione apposita, contengono soprattutto calcoli, disegni, documenti delle osservazioni e corrispondenza.