La serie è organizzata in due sottoserie. La prima - composta soprattutto di corrispondenza istituzionale - riguarda quasi esclusivamente i rapporti dell'osservatorio con il Ministero delle pubblica istruzione e l'Università di Firenze. L'ordinamento delle carte è cronologico, esse sono raccolte in fascicoli annuali o pluriennali.
La seconda sottoserie invece raccoglie un gruppo di fascicoli rinvenuti sparsi, ordinati ora in senso cronologico, relativi ad alcuni aspetti generali e patrimoniali dell'osservatorio.