Ultimo di nove figli, entrò nel Collegio Gesuita di Fulda nel 1616, forgiando una cultura enciclopedica che spaziava dalle lingue classiche alle scienze orientali. A Würzburg ebbe l'incarico di professore di filosofia, matematica e lingue orientali, ma con lo scoppio della Guerra dei Trent'anni, nel 1631 riparò ad Avignone, dove stabilì un osservatorio e la sua fama di astronomo e linguista crebbe rapidamente.
Sebbene l'Imperatore lo avesse inizialmente designato come successore di
Keplero a Vienna nel 1633, l'influenza di
Nicolas-Claude Fabri de Peiresc (che ne intuì il valore come decifratore di geroglifici) fece sì che venisse dirottato a Roma. Qui, sotto la protezione di
Urbano VIII, divenne pilastro del Collegio Romano dove fu professore di matematica, fisica e lingue orientali. Nel 1651 diede vita al Museo Kircheriano, una wunderkammer scientifica dove confluirono reperti archeologici, automobili meccaniche e strumenti ottici, rendendo Roma il centro della curiosità intellettuale europea.