Ultimo di nove figli, nel 1616 entra come novizio nel Collegio Gesuita di Fulda. Dopo il noviziato, approfondisce le lingue classiche, lo studio delle scienze e la filosofia. Ebbe l'incarico di professore di filosofia, matematica e lingue orientali a Würzburg. A causa della Guerra dei trent'anni, nel 1631 trovò rifugio ad Avignone, dove stabilì un osservatorio.
Nel 1633 fu chiamato a Vienna dall'imperatore per succedere a Keplero come matematico della corte asburgica. Su intervento di Nicolas-Claude Fabri de Peiresc l'ordine fu revocato perché potesse andare a Roma per continuare il suo lavoro accademico. Nel novembre 1633 giuse a Roma e dall'anno successvo papa Urbano VIII lo nominò professore di matematica, fisica e lingue orientali al Collegio Romano, incarico che lasciò otto anni dopo per dedicarsi allo studio dell'antichità. Nel 1651 fondò il Museo Kircheriano presso il Collegio Romano.