Nato da una nobile famiglia di origine spagnola trasferitasi a Napoli nel periodo del viceregno, il 30 agosto 1772 entrò nell'ordine dei monaci benedettini olivetani. Dopo la professione di fede del dicembre 1773 visse fino al 1778 nel monastero di san Vittore al Corpo di Milano e successivamente, fino al 1780, nel monastero di S. Bartolomeo a Pavia, qui tenne alcune lezioni nell'Università di Pavia presso il celebre Gregorio Fontana (1735-1803), matematico di formazione illuminista ed enciclopedista. Fontana, nelle stanze del collegio Ghislieri, teneva un vero e proprio circolo scientifico a cui partecipavano Roberto Gaeta, Ferdinando Speroni, Angelo Lotteri, Giovanni Gratognini e lo stesso Messia de Prado, favorendo la conoscenza di lavori di matematica pura e applicata elaborati da autori francesi, tedeschi e inglesi.
Collaborò alla correzione tipografica del volume Disquisitiones physico-mathematicae (1780) di Fontana che lo definisce discipulus mei amantissimus Ferdiandus Messia Napolitanus, ex Olivetana familia, singulari fide homo, ingeniique acumine & judici vi sopra aetatem praecellens.
Dal 1782 all'85 rientrò a Napoli nel Monastero di Monteoliveto con l'incarico di Lector Mathematicus e nel 1786 anche di Lector Philosophus. Alla morte di Felice Sabatelli fu nominato Publicus Regius Professor Astronomiae et Nauticae.
Il governo napoletano gli permise di recarsi a Parigi, Padova, Bologna e Milano per perfezionarsi nell'uso della strumentazione astronomica. Lo sostituirono nelle lezioni universitarie gli assistenti Filippo Maria Guidi e Giuseppe Cassella.
Per la sua particolare esperienza in campo gnomonico, nel 1788, fu chiamato a Bologna dai confratelli del convento di san Michele in Bosco dove realizzò, nel corridoio maggiore una meridiana lunga 8 metri.
A seguito della congiura giacobina del 1794, fu accusato dal matematico Annibale Giordano di essere tra i membri della Libera Muratoria partenopea, la Società patriottica napoletana fondata nell'agosto 1793.
Nel 1799 fu un convinto sostenitore della Repubblica Napoletana e l'anno successivo fu condannato dalla Suprema Giunta di Stato all'esilio.
Nel documento di "asportazione" in Marsiglia sotto pena della morte nel caso, che ritornassero nei Reali Dominj senza Real permesso se ne dà una precisa descrizione fisica:
figlio di Gio: Batista, e di Marianna Abenante, nativo di Napoli; d‘anni 42. circa, faccia ronda, naso giusto, occhi corvini, ciglio , e capello castagno, e bianchi, corporatura giusta, statura piedi cinque, e due pulgate.
In Francia si dedicò all'insegnamento delle Matematiche sublimi prima a Saint Germain-en-Laye e poi al collegio di Périgueux.
Con l'arrivo a Napoli di Giuseppe Bonaparte, nel 1806, Cassella, già direttore dell'erigenda specola presso il palazzo degli studii, sottopose al ministro Miot una memoria elencando le sue benemerenze didattiche, letterarie e civili affinché lo confermassero nella cattedra universitaria, ma gli fu preferito il Messia de Prado richiamato in patria dal Ministro dell'Interno.
Alla morte di Cassella egli divenne anche direttore dell'osservatorio provvisorio di S. Gaudioso, sollevando le forti critiche di Napoli Signorelli.
Poco poté fare nella pratica dell'Astronomia, giacché non mancò di farne conoscere la teorica nella Reale Università considerando i pochi strumenti avuti a disposizione e gli spazi non adeguatamente accomodati per disporre gli strumenti.
Morì colpito nel fiore della sua gioventù da un accidente apoplettico