Appartenente a una nobile famiglia di origine spagnola stabilitasi a Napoli durante il viceregno, il 30 agosto 1772 entrò nell’Ordine dei monaci benedettini olivetani. Dopo la professione del dicembre 1773 visse fino al 1778 nel monastero di San Vittore al Corpo di Milano e, successivamente, fino al 1780, in quello di San Bartolomeo a Pavia. Qui tenne alcune lezioni presso l’Università, sotto la guida del celebre matematico Gregorio Fontana (1735-1803), matematico di formazione illuminista ed enciclopedista e figura centrale dell’illuminismo scientifico italiano. Fontana animava un vivace circolo scientifico nel collegio Ghislieri a cui partecipavano Roberto Gaeta, Ferdinando Speroni, Angelo Lotteri, Giovanni Gratognini e lo stesso Messia de Prado, favorendo la conoscenza di lavori di matematica pura e applicata elaborati da autori francesi, tedeschi e inglesi.
Collaborò alla correzione tipografica del volume Disquisitiones physico-mathematicae (1780) di Fontana che, lodandone l’ingegno precoce e la singolare affidabilità, lo definì discipulus mei amantissimus Ferdiandus Messia Napolitanus, ex Olivetana familia, singulari fide homo, ingeniique acumine & judici vi sopra aetatem praecellens.
Rientrato a Napoli, dal 1782 al 1785 fu Lector Mathematicus nel monastero di Monteoliveto e, dal 1786, anche Lector Philosophus. Alla morte di Felice Sabatelli fu nominato Publicus Regius Professor Astronomiae et Nauticae. Il governo napoletano gli concesse di perfezionarsi nell’uso della strumentazione astronomica recandosi a Parigi, Padova, Bologna e Milano; durante la sua assenza le lezioni furono affidate agli assistenti Filippo Maria Guidi e Giuseppe Cassella.
Per la sua competenza in campo gnomonico, nel 1788 fu chiamato a Bologna dai confratelli di San Michele in Bosco, dove realizzò una meridiana lunga otto metri nel corridoio maggiore del convento.
Coinvolto nelle tensioni politiche degli anni rivoluzionari, nel 1794 fu accusato dal matematico Annibale Giordano di appartenere alla Libera Muratoria partenopea, la Società patriottica napoletana fondata nell'agosto 1793. Nel 1799 sostenne la Repubblica Napoletana e l’anno successivo venne condannato all’esilio dalla Suprema Giunta di Stato. Il documento di "asportazione" in Marsiglia sotto pena della morte nel caso, che ritornassero nei Reali Dominj senza Real permesso ne fornisce una dettagliata descrizione fisica:
figlio di Gio: Batista, e di Marianna Abenante, nativo di Napoli; d‘anni 42. circa, faccia ronda, naso giusto, occhi corvini, ciglio , e capello castagno, e bianchi, corporatura giusta, statura piedi cinque, e due pulgate.
In Francia insegnò Matematiche sublimi prima a Saint‑Germain‑en‑Laye e poi al collegio di Périgueux.
Con l'arrivo a Napoli di Giuseppe Bonaparte (1806), Cassella, già direttore della nascente specola del Palazzo degli Studi, presentò una memoria elencando le sue benemerenze didattiche, letterarie e civili affinché venisse confermato nella cattedra universitaria, ma il ministro degli Interni, André Miot, preferì richiamare in patria proprio Messia de Prado. Alla morte di Cassella, assunse anche la direzione dell’osservatorio astronomico di San Gaudioso, non senza suscitare critiche, tra cui quelle di Napoli Signorelli.
Poco poté fare nella pratica dell'Astronomia, giacché non mancò di farne conoscere la teorica nella Reale Università, penalizzato dalla povertà della dotazione strumentale e dalla mancanza di spazi adeguati, circostanze che lo spinsero a dedicarsi principalmente all’insegnamento teorico.
Morì colpito nel fiore della sua gioventù da un accidente apoplettico