Appartenente a una nobile famiglia di origine spagnola, il 30 agosto 1772 entrò nell’Ordine dei monaci benedettini olivetani. Tra il 1773 e il 1780 visse nei monasteri di San Vittore al Corpo di Milano e di San Bartolomeo a Pavia; in quest'ultima città frequentò l'Università sotto la guida del matematico
Gregorio Fontana, figura centrale dell’illuminismo scientifico, che ne lodò l'ingegno precoce definendolo "
discipulus mei amantissimus Ferdiandus Messia Napolitanus, ex Olivetana familia, singulari fide homo, ingeniique acumine & judici vi sopra aetatem praecellens". Nel collegio Ghislieri di Pavia frequentò il vivace circolo scientifico di Fontana a cui partecipavano Roberto Gaeta, Ferdinando Speroni, Angelo Lotteri e Giovanni Gratognini, favorendo la conoscenza di lavori di matematica pura e applicata elaborati da autori francesi, tedeschi e inglesi. Collaborò anche alla correzione tipografica del volume di Fontana
Disquisitiones physico-mathematicae (1780).
Rientrato a Napoli, fu
Lector Mathematicus nel monastero di Monteoliveto dal 1782 al 1785 e, dal 1786, anche
Lector Philosophus. Alla morte di Felice Sabatelli, fu nominato
Publicus Regius Professor Astronomiae et Nauticae.Per approfondire l'uso della strumentazione astronomica, compì un viaggio di perfezionamento a Parigi, Padova, Bologna e Milano. Proprio a Bologna, nel 1788, realizzò una meridiana di otto metri nel corridoio del convento di San Michele in Bosco Durante la sua assenza da Napoli le lezioni furono affidate agli assistenti Filippo Maria Guidi e Giuseppe Cassella.
Coinvolto nelle tensioni politiche degli anni rivoluzionari, nel 1794 fu accusato dal matematico
Annibale Giordano di appartenere alla Libera Muratoria partenopea, la
Società patriottica napoletana fondata nell'agosto 1793. Nel 1799 sostenne la Repubblica Napoletana e fu condannato all’esilio dalla Suprema Giunta di Stato nel 1800. Durante il periodo trascorso in Francia, insegnò
Matematiche sublimi a Saint‑Germain‑en‑Laye e a Périgueux. Il documento di "asportazione" "
in Marsiglia sotto pena della morte nel caso, che ritornassero nei Reali Dominj senza Real permesso" ne fornisce una precisa descrizione fisica:
"figlio di Gio: Batista, e di Marianna Abenante, nativo di Napoli; d‘anni 42. circa, faccia tonda, naso giusto, occhi corvini, ciglio , e capello castagno, e bianchi, corporatura giusta, statura piedi cinque, e due pulgate".
Richiamato in patria nel 1806 dal ministro
André Miot durante il decennio francese, riprese la cattedra universitaria e, alla morte di Giuseppe Cassella (1808), assunse la direzione dell’Osservatorio astronomico di San Gaudioso. Nonostante le critiche di alcuni contemporanei, come
Pietro Napoli Signorelli, la sua attività fu limitata dalla cronica carenza di strumenti e spazi adeguati, portandolo a privilegiare l'insegnamento teorico dell'astronomia: poco poté fare "
nella pratica dell'Astronomia, giacché non mancò di farne conoscere la teorica nella Reale Università".
Morì "
colpito nel fiore della sua gioventù da un accidente apoplettico".