Costruttore di strumenti scientifici, apprezzato soprattutto per la realizzazione di telescopi.
Fu prima apprendista di suo padre e nel 1770 di suo fratello maggiore, John, specialista nella divisione in gradi e nell'incisione di strumenti di altri costruttori. Nel 1778 elaborò un nuovo modo di graduare gli archi che successivamente fu definito "il più grande miglioramento mai ottenuto nell'arte della costruzione di strumenti". Nel 1779 i due fratelli entrarono in società e nel 1782 acquistarono l'antica e rinomata ditta di Benjamin Cole (1695-1766): The Sign of the orrery al 136 di Fleet Street a Londra, presso la quale John si era formato. Con la morte di John Troughton nel 1788, Edward continuò l'attività da solo, brevettando tra gli altri strumenti il sestante a colonna, il barometro marino e quello da montagna; inoltre costruì i grandi teodoliti per l'American Coast Survey del 1815. Fu anche l'artefice della sostituzione dei fili o dei capelli con fili di tela di ragno nei micrometri.
Nel 1826 si associò con William Simms cambiando il nome della società in Troughton & Simms, che restò tale anche dopo il ritiro di Troughton nel 1831. Dal 1922 la ditta si chiamò Cooke, Troughton and Simms Ltd.
Per le sue inovazioni sul metodo di divisione degli strumenti astronomici fu insignito nel 1809 della medaglia Copley della Royal Society di Londra. Fu uno dei membri fondatori della Royal Astronomical Society nel 1820.