Tra il 1999 e il 2001 è stato riordinato un secondo lotto di carte, il cosiddetto "archivio di deposito".
Rendendosi necessarie, da un lato una revisione del contenuto dei singoli faldoni (non si conservano inventari completi) e dall’altro numerose integrazioni in previsione della redazione di un inventario definitivo che consenta inoltre il raccordo con la porzione di archivio già riordinata, da parte della Direzione è stato stabilito un secondo intervento sulle carte che ha riguardato la totalità del materiale archivistico fino al 1986, anno della nomina a direttore del professor Attilio Ferrari.
Si tratta complessivamente di una trentina di metri lineari.
La documentazione relativa al periodo del secondo conflitto mondiale è andata in gran parte perduta.
Per quanto concerne l’epoca successiva, il materiale compreso tra i primi anni Cinquanta (con sporadica documentazione appartenente al periodo precedente, in gran parte ascrivibile alle serie “Patrimonio” e “Contabilità”) e la fine degli anni Sessanta era già stato parzialmente ordinato e classificato dal personale interno dell’Osservatorio in base a un titolario messo a punto all’epoca dell’intervento (inizio anni Settanta).
Qualche tempo dopo la chiusura del lavoro di riordino è stata reperita altra documentazione relativa a corrispondenza, forniture e contratti di manutenzione di strumentazione scientifica per un totale di 35 unità archivistiche.
La parte più recente dell’archivio è conservata negli uffici amministrativi e presso i singoli gruppi di ricerca scientifica.