Figlio di Georg, lavorò assieme al fratello Ludwig nell'istituto di ottica diretto dal padre, che aveva raccolto l'eredità tecnica di Fraunhofer. Nel 1847 la ditta fu trasferita da Benediktbeuern a Monaco e assunse il nome G. Merz & Söhne in München. Alla morte di Ludwig nel 1858, causata dalle esalazioni di piombo tipiche della lavorazione del vetro flint, la società fu rinominata G. & S. Merz in München.
Quando il padre Georg morì nel 1867, Sigmund restò l'unico proprietario, mantenendo l'istituto ai vertici della produzione mondiale di grandi rifrattori astronomici. Nel 1883, Sigmund si ritirò lasciando il laboratorio ai cugini e collaboratori Matthias e Jakob Merz (1833-1906). Quest'ultimo, il 5 ottobre 1905, vendette infine la ditta a Paul Zschokke (1853-1932), che ne continuò l'attività sotto lo storico marchio Merz.