L'erede della tradizione astronomica bolognese non è l'Osservatorio Astronomico di Bologna dell'INAF, ma il Dipartimento di Astronomia dell'Università, dove è conservato l'archivio storico di quella che fu denominata Specola di Bologna. Si tratta di documentazione relativa alla vita scientifica ed amministrativa dell'istituzione, sorta nel 1711 come sezione astronomica dell'Istituto delle Scienze, fondato dal conte Luigi Ferdinando Marsili.
I documenti più antichi risalgono al 1679, quando fu progettata quella torre che, sotto la direzione di Eustachio Manfredi, diverrà il primo istituto astronomico della città. La Specola seguì poi le vicende istituzionali dell'Istituto delle Scienze fino all'odierna appartenenza all'Università.
L'archivio consta sostanzialmente di sei serie: le osservazioni astronomiche, le osservazioni meteorologiche, le osservazioni effettuate con lo specchio a tasselli, 61 buste di documenti astronomici costituite da Guido Horn d'Arturo, quattro buste numerate A, B, C, D, ed E, create con documenti ritrovati in momenti successivi, e il Fondo Guido Horn d'Arturo, costituito da materiale epistolare donato dagli eredi dell'astronomo.
Le 61 buste di documenti, che rappresentano la serie più consistente dell'archivio, vennero create da Guido Horn d'Arturo che impartì alla documentazione ivi conservata l'ordinamento ancora oggi rispettato. Nelle 61 buste si trova, tra l'altro, una rilevante collezione di lettere, scambiate tra gli astronomi attivi a Bologna ed altri scienziati di tutto il mondo: Gian Domenico Cassini, Paris M. Salvago, Luigi Ferdinando Marsili, Johann Jakob Scheuchzer, Antoine F. Laval, Ottaviano Fabrizio Mossotti e Guido Horn d'Arturo. I documenti più recenti risalgono al 1958.